Το Αρχαιολογικό Μουσείο Συρου στεγάζεται στο Δημαρχείο, με ανεξάρτητη είσοδο από τη δυτική πλευρά. Αρχικός πυρήνας του Μουσείου ήταν η αρχαιολογική συλλογή, από επιγραφές κυρίως, που συγκέντρωσε ο Ιωάννης Κοκκώνης το 1834. Το πρώτο αυτό, πρόχειρο Μουσείο στεγάστηκε στο Γυμνάσιο, έπειτα (1888) στο δημοτικό κτίριο στο Νησάκι και, από το 1899-1901, στον χώρο του Δημαρχείου. Η τελευταία αυτή μετακίνηση συνδέεται με τα σημαντικά ευρήματα του Χρ.